Secondo lo Horne (1908) il quadro fu dipinto per la villa di Castello, diproprietà di Giovanni e Lorenzo di Pierfrancesco dal 1447. Anche Vasari cita il dipinto, insieme alla "Primavera", nella villa. Negli inventari della villa del 1498, 1503 e 1516 non è menzionata nessuna pittura corrispondente alla "Nascita di Venere". Nel 1598 fu catalogata per la prima volta nell'inventario di Castello.>>